宏基因組學(xué)與代謝組學(xué)結合分析

　　實(shí)驗介紹宏基因組學(xué)可以研究系統發(fā)生的多樣性，提供了腸道微生物潛在功能的庫存，究因腸道微生物群落結構的改變引起的腸道疾病或其他疾病。

 

　　代謝組學(xué)代謝組是一個(gè)細胞或組織的生物化學(xué)表現型，代謝組的成分即代謝產(chǎn)物是基因表達的最終產(chǎn)物，在代謝酶的作用下生成。細胞內許多生命活動(dòng)實(shí)際上是發(fā)生在代謝物層面的，如細胞信號釋放、能量傳遞、細胞間通信等都是受代謝物調控

 

　　宏基因組和代謝組學(xué)相結合可廣泛應用于對不同疾病大規模人群腸道菌群組成及其代謝物質(zhì)動(dòng)態(tài)監控，以期尋找特定疾病的特有腸道菌群變化及代謝變化規律，作為臨床特異疾病診斷的生物標記物，從而用于疾病的特異性診斷，也可為疾病發(fā)生機理的探討提供理論依據。

 

　　2. 技術(shù)路線(xiàn)及方法：

 

　　宏基因組

　　代謝組

　　3. 部分類(lèi)似結果展示

 

　　宏基因組學(xué)測序部分類(lèi)似結果

 

　　a) 多個(gè)樣本中的表達結構：

　　b) Heatmap圖

　　c) 主成分分析PCA(Principal Component Analysis)

　　代謝組學(xué)部分類(lèi)似結果

 

　　a) 主成分分析PCA (Principal Component Analysis)

　　b) 差異代謝物的功能注釋

　　c) Heatmap圖

　　d) 差異代謝物與微生物群落相關(guān)性分析

　　e) 特定代謝物與特定微生物種屬相關(guān)性分析

　　樣本要求

 

　　宏基因組測序樣本：

 

　　樣品類(lèi)型 1：環(huán)境樣本（請使用干冰或冰袋運送）

 

　　1）土壤≥ 5 g；2）糞便≥ 2 g。

 

　　樣品類(lèi)型 2：DNA 樣品（請使用干冰或冰袋運送）

 

　　1）總量≥ 150 ng；2）濃度≥ 5 ng/μl；3）有明顯主帶，無(wú)降解，無(wú) RNA、蛋白質(zhì)等雜質(zhì)污染。

 

　　代謝組學(xué)樣本：

 

　　植物，微生物設計6-8個(gè)平行樣品，模式動(dòng)物設計10個(gè)左右平行樣品，臨床標本設計20-30例平行樣品（所有樣品越多越好）。

 

　?。?） 血清?

 

　　樣品量要求 ：500 μL /sample；一定避免反復凍融。 ?

 

　　血液收集在離心管中靜置30 min進(jìn)行凝固分層。然后低速離心取上清裝載干凈的離心管中，再高速離心5 min，取上清分裝到凍存管中，每管0.5 mL，-80℃凍存寄送。

 

　?。?） 尿液

 

　　樣本量要求：1 mL/例，原則上可以多取一點(diǎn)。 ?

 

　　收集步驟：晨起中段尿（臨床）或晨間1小時(shí)尿（動(dòng)物）直接分裝到離心管中，每管1mL，添加一滴（約10 μL）質(zhì)量體積為1/100（w/v）的疊氮化鈉，-80℃凍存寄送。