RNA-seq 和ChIP-seq數據關(guān)聯(lián)分析

　　1實(shí)驗介紹ChIP-Seq 的原理是：首先通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ ChIP ）特異性地富集目的蛋白A結合的 DNA 片段，并對其進(jìn)行純化與文庫構建；然后對富集得到的 DNA 片段進(jìn)行高通量測序。研究人員通過(guò)將獲得的數百萬(wàn)條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的 DNA 區段信息。另外，通過(guò)對A基因過(guò)表達或敲除/干擾后，進(jìn)行RNA-seq，尋找A基因影響的下游基因，通過(guò)ChIP-seq和RNA-seq的整合，進(jìn)一步分析A調控的基因和及其結合位點(diǎn)，并通過(guò)real time PCR和雙熒光素酶系統等實(shí)驗進(jìn)行驗證。

 

　　2目的：

 

　　篩選目的蛋白調控的靶基因及結合位點(diǎn)。

 

　　3實(shí)驗步驟：

 

　?。?） 野生型和A基因干擾后兩組細胞的RNA-seq，每組三個(gè)樣，測序數據量6G/sample；

 

　?。?） A蛋白的ChIP-seq（需要有A蛋白ChIP級別的抗體），三個(gè)重復，測序數據量 10M reads /sample，DNA樣品總量：≥50ng，DNA樣品濃度： ≥10ng/μL；

 

　?。?） ChIP-seq Peak 區域分析；

 

　?。?） RNA-seq差異表達基因分析；

 

　?。?） 高級分析及整合分析；

 

　?。?） 實(shí)驗驗證。

 

　　4實(shí)驗思路：

　　參考文獻（1）Laurent A, Calabrese M, Warnatz HJ, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells [J]. PLos One, 2015.

 

　?。?）Jones CJ, Newsom D, Kelly B, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq reveal an AmrZ-mediated mechanism for cyclic di-GMP synthesis and biofilm development by Pseudomonas aeruginosa[J]. PLoS Pathog, 2014, 10(3).

 

　?。?）Zhang X, Jin J Y, Wu J, et al. RNA-Seq and ChIP-Seq reveal SQSTM1/p62 as a key mediator of JunB suppression of NF-κB-dependent Inflammation[J]. Journal of Investigative Dermatology, 2014.