RNA-seq 和甲基化測序整合分析

　　1實(shí)驗介紹基因組DNA甲基化作為一種重要的表觀(guān)遺傳修飾方式，是調控細胞分化發(fā)育過(guò)程中基因表達的主要機制之一，它并不改變基因序列，但是可以遺傳給后代，容易受外界環(huán)境的影響而發(fā)生改變，在胚胎發(fā)育、干細胞分化、癌癥發(fā)生等方面發(fā)揮著(zhù)重要的作用。結合RNA-seq和甲基化測序可以進(jìn)一步了解基因表達量與DNA甲基化之間的相關(guān)性，從轉錄調控著(zhù)手深入分析疾病的發(fā)病機理。

 

　　2分析流程：

　　3項目服務(wù)細則：

 

　?。?） 樣本收集：

 

　　RNA-seq：實(shí)驗組vs.對照組（每組三個(gè)樣）

 

　　甲基化測序：實(shí)驗組vs.對照組（每組三個(gè)樣）

 

　　RNA樣品總量: ≥3μg，RNA樣品濃度: ≥100 ng/μL，純度OD260/280≥2.0；完整性RIN≥8.0；

 

　　DNA總量≥2μg1，DNA濃度≥50 ng/μL，純度OD260/280在1.8-2.0之間

 

　?。?）Total RNA提取，DNA抽提；

 

　?。?）建庫并上機測序，轉錄組測序每個(gè)樣本平均數據量6G；甲基化測序每個(gè)樣本平均數據量12G；

 

　?。?）數據分析；

 

　?。?）周期：8 -10周。

 

　　預期結果（部分結果展示）

 

　?。ǎ?）甲基化位點(diǎn)的分布

　?。?）差異甲基化區域（DMR）的分布

　?。?） DMR分布circos圖

　?。?）與DMR有交集的promoter下游基因的功能分析

　?。?）針對DMR區域的轉錄因子基序富集分析

　　6）DNA甲基化譜-基因表達譜關(guān)聯(lián)分析

 

　　a. 關(guān)聯(lián)的差異基因DMR分布

　　b.功能分析

 

　　與DMR關(guān)聯(lián)的顯著(zhù)差異表達基因KEGG代謝通路富集分析結果

　　c. 轉錄調控網(wǎng)絡(luò )分析

　　轉錄調控網(wǎng)絡(luò )（圖中菱形為轉錄因子，紅色點(diǎn)為上調差異基因，綠色為下調差異基因，紅色線(xiàn)代表轉錄因子與該靶基因的結合位點(diǎn)與高甲基化的DMR有交集，綠色線(xiàn)代表該轉錄因子與靶基因的結合位點(diǎn)與低甲基化的DMR有交集）