lncRNA、mRNA和circRNA測序及整合分析
1實(shí)驗介紹環(huán)狀RNA（Circular RNA, circRNA）是區別于傳統線(xiàn)性RNA 的一類(lèi)新型RNA 分子，廣泛存在于人和動(dòng)植物中，是一類(lèi)新的隱秘未知但功能異常強大的RNA 分子。作為一類(lèi)新型的RNA 分子，circRNA 具有閉合環(huán)狀結構，大量存在于真核轉錄組中。大部分的circRNA 是由外顯子序列構成，在不同的物種中具有保守性，同時(shí)存在組織及不同發(fā)育階段的表達特異性。由于circRNA 對核酸酶不敏感，因此比線(xiàn)性RNA 分子更為穩定，使得環(huán)狀RNA 在作為新型臨床診斷標記物的開(kāi)發(fā)應用上具有明顯優(yōu)勢。
近期研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用，稱(chēng)之為競爭性?xún)仍碦NA（ceRNA），能競爭性結合miRNA，從而調控靶基因的表達。因此，通過(guò)環(huán)狀RNA測序，獲得差異表達的circRNA，分析miRNA結合位點(diǎn)，挖掘circRNA與競爭性結合疾病相關(guān)的miRNA在疾病調控中的作用機制。
針對 circRNA 高通量測序數據分析，可采用去除去除 rRNA手段建庫測序，因此整個(gè)測序不僅可以分析circRNA，同時(shí)也可進(jìn)行蛋白編碼基因(mRNA)以及長(cháng)鏈非編碼 RNA (lnc RNA)分析 。
2分析流程：
3項目服務(wù)細則：
?。?）樣本收集，實(shí)驗組vs.對照組（每組三個(gè)樣）
RNA樣品總量: ≥3μg
RNA樣品濃度: ≥100 ng/μL
?。?）Total RNA提??；
?。?）去除rRNA；
?。?）建庫并上機測序（整個(gè)測序不僅可以分析 circRNA，同時(shí)也可分析蛋白編碼基因( mRNA)以及長(cháng)鏈非編碼 RNA (lncRNA)）；
?。?）數據分析，每組12G數據量；
?。?）周期：8 -10周。
4. 預期結果（部分結果展示）
?。?）circRNA 表達譜研究
l circRNA鑒定
l circRNA注釋
l 差異circRNA火山圖
l 差異表達聚類(lèi)分析
l 差異circRNA-hosting基因富集分析
l KEGG富集分析差異circRNA-hosting基因上下調統計
l circRNA起源分析
l circRNA-miRNA互作網(wǎng)絡(luò )分析
圖中紅色代表miRNA，綠色代表circRNA，藍色代表mRNA
?。?）protein coding 基因差異表達分析（圖表同上）
l 差異基因表達分析
l 差異基因表達水平火山圖
l 差異基因聚類(lèi)分析
l 差異基因GO和KEGG富集分析
l SNP和Indel分析
l 可變剪切分析
?。?）lncRNA表達譜研究（圖表同上）
l lncRNA篩選
l 不同樣本lncRNA基因組可視化結果
l 差異lncRNA表達分析
l 差異lncRNA表達水平火山圖
l 差異lncRNA聚類(lèi)分析
?。?）整合分析
l lncRNA、mRNA表達量比較
l lncRNA、mRNA長(cháng)度比較
l lncRNA、mRNA ORF分布
l lncRNA靶基因分析
l 特異lncRNA與mRNA網(wǎng)絡(luò )互作分析
5. 驗證實(shí)驗
qPCR驗證顯著(zhù)差異circRNA、lncRNA和mRNA的表達量。
