miRNA表達芯片

　　實(shí)驗介紹microRNA（miRNA）屬于Small ncRNAs，是單鏈的短RNA，長(cháng)度在22nt左右。microRNA是基因表達的主要調節分子miRNA以序列互補的方式與特異靶mRNA結合，通過(guò)降解靶mRNA或抑制其蛋白翻譯調控靶基因的表達。米RNA不但在基本的生物過(guò)程，如發(fā)育、應激反應、代謝和基因組完整性維持等方面有基本而重要的調控作用；在疾病的發(fā)生發(fā)展全過(guò)程中，也發(fā)揮重要的調控作用。

 

　　服務(wù)流程：

 

　　可研生物科技有限公司提供常規microRNA表達譜芯片分析，流程如下：

　　常規分步流程：（個(gè)性圖）

 

　　1. 芯片預處理與標準化；

 

　　2. 篩選差異表達microRNA；

 

　　3. microRNA聚類(lèi)圖、火山圖以及熱圖等；

 

　　4. microRNA靶基因預測，基于多數據庫整合的靶基因預測以及上海豐核自主知識產(chǎn)權的預測軟件同時(shí)識別；

 

　　5. 對預測的microRNA的靶基因進(jìn)行GO富集分析通路富集分析等。

 

　　同時(shí)，我們還提供多種個(gè)性化分析，常見(jiàn)個(gè)性化分析如下：

　　1. microRNA網(wǎng)絡(luò )分析：

 

　　a) microRNA靶基因失調網(wǎng)絡(luò )。在疾病發(fā)生的過(guò)程中，某些microRNA’可能失調了它的靶基因造成正常的調控功能異常，從而造成疾病的發(fā)生

 

　　b)microNRA功能協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò )。正常機體中多個(gè)microRNA同時(shí)調控某一靶基因很常見(jiàn)，從而達到共同調控某種生命過(guò)程的目的，而在疾病個(gè)體中可能出現調控同一功能的microRNA同時(shí)出現了差異的表達，這種異常的協(xié)同作用可能是疾病發(fā)生的原因。下圖為一個(gè)示例協(xié)同作用網(wǎng)絡(luò )：

　　2. microRNA與其他芯片整合分析：

 

　　a) microRNA芯片與lncRNAs芯片結果聯(lián)合分析（ceRNA Analysis）。根據ceRNAs（competing endogenous RNAs，競爭性?xún)仍碦NAs） 假說(shuō)，mRNAs、和長(cháng)鏈非編碼RNAs（long non-coding RNAs，LncRNAs）間通過(guò)使用microRNA響應元件（microRNA response elements，MREs）作為一種“語(yǔ)言”彼此間進(jìn)行“通信”， 形成一個(gè)復雜的調控網(wǎng)絡(luò )，在病理條件下（例如癌癥），發(fā)揮著(zhù)重要的作用。通過(guò)聯(lián)合microRNA表達譜和Arraystar LncRNA芯片結果，能夠找出最有可能的ceRNA，并繪制ceRNA調控網(wǎng)絡(luò )。上海豐核信息科技有限公司通過(guò)分析尋找感興趣的lncRNA 的ceRNAs，進(jìn)而構建miRNA、lncRNA和ceRNA的調控網(wǎng)絡(luò )，從而揭示ceRNA通過(guò)競爭性結合miRNA來(lái)調控目的lncRNA的新的調控模式。適用范圍：同時(shí)具有miRNA表達譜數據和LncRNA芯片數據的樣品。

 

　　b) microRNA與mRNA芯片整合分析。根據表達譜芯片結果和miRNA芯片結果聯(lián)合分析，進(jìn)一步定位差異miRNA發(fā)揮功能的途徑以及相應的差異表達靶基因可能引起的生物學(xué)通路變化。首先利用 差異表達的miRNA找尋靶基因，將其與表達譜中的差異表達基因取交集。這樣能找到既是差異miRNA的靶基因又在表達譜芯片中差異表達的基因，可以進(jìn)一 步縮小miRNA可能影響的基因的范圍，能夠更加準確地研究這些基因所發(fā)揮的生物學(xué)功能。適用范圍：同時(shí)具有mRNA表達譜數據和miRNA表達譜數據的樣品，一般情況下用于分析的差異miRNA數目應小于10個(gè)。

 

　　c) microRNAs與DNA甲基化芯片結果聯(lián)合分析。DNA甲基化和microRNA調控是兩種重要的表觀(guān)遺傳現象。研究表明，特定microRNA能夠作為腫瘤抑制microRNA靶向DNA甲基轉移酶 （DNA methyltransferase，DNMT）。例如miR-29家族microRNA靶向DNMT 3A和3B，導致全基因組DNA甲基化的改變。同時(shí)，抑癌microRNA的啟動(dòng)子甲基化程度的改變也會(huì )影響癌癥（例如多發(fā)性骨髓瘤）的發(fā)生。聯(lián)合microRNAs和DNA甲基化芯片結果能夠研究?jì)烧咧g的復雜調控關(guān)系，更好地理解癌癥發(fā)生的機制。適用范圍：同時(shí)具有microRNA表達譜數據和甲基化譜數據的樣品。

 

　　3. 與臨床數據整合分析