疾病生存率分析

實(shí)驗介紹基因與疾病的生存率分析是常見(jiàn)的疾病預后分析之一,生存率分析需要大量的臨床樣本和臨床數據,某些科研工作者可能束手無(wú)策!
云生信團隊整合了世界權威公共數據庫所有臨床樣本數據,您只需要提供疾病名稱(chēng)以及感興趣的基因(或者miRNA,lncRNA)名稱(chēng),我們會(huì )在最快的時(shí)間給出疾病基因的生成曲線(xiàn)以及分析報告,全面揭示基因與疾病生存率關(guān)系。
分析意義
1.驗證基因(或miRNA、lncRNA)的表達高低與疾病生存時(shí)間的關(guān)系,確定該基因(或miRNA、lncRNA)在疾病的預后中是否起到關(guān)鍵作用。
2.可用于基因表達驗證、基因敲出實(shí)驗、藥物處理研究等各種臨床分析。
3.可以直接作為文章的結論以及增加文章的影響因子。
參考文獻實(shí)例
[IF=4.836] Predictive factors associated with prolonged survival in patients with advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC) treated with gefitinib.
[IF=2.862] DDX3X Biomarker Correlates with Poor Survival in Human Gliomas.
樣本數據來(lái)源:
云生信團隊整合了全世界權威公共數據庫所有臨床樣本數據,例如TCGA數據庫的34種常見(jiàn)癌癥以及超過(guò)10000個(gè)人類(lèi)臨床樣本數據;例如NCBI GEO數據庫的2000個(gè)實(shí)驗組以及總數超過(guò)30000個(gè)人類(lèi)臨床樣本數據。其他還有ICGC、EBI等數據庫。
圖片可直接使用:
云生信團隊的分析過(guò)程依托于云生信分析平臺(www.biocloudservice.com),獲得的分析圖片完全達到SCI論文的水平要求,可以直接使用。
分析耗時(shí)及報價(jià):
每個(gè)基因的分析只需要2000元(原價(jià)3000元,限前100名),多個(gè)基因同時(shí)分析還有大優(yōu)惠!
腎上腺皮質(zhì)癌預后風(fēng)險microRNA篩選及功能分析
流程:
1. 獲得TCGA的腎上腺皮質(zhì)癌microRNA表達譜數據,標準化
2. 獲得TCGA的腎上腺皮質(zhì)癌的臨床數據并進(jìn)行整理
3. 基于microRNA的表達值對病例分組后利用KM曲線(xiàn)獲得對生存預后有顯著(zhù)影響的microRNA
4. 構建COX比例回歸模型評估不同microRNA表達值及臨床因素篩選對預后有顯著(zhù)影響因素
5. 對關(guān)鍵microRNA的預測調控靶基因及功能分析
6. 構建microRNA共調控靶基因網(wǎng)絡(luò )并對共調控靶基因進(jìn)行功能分析
關(guān)鍵詞: TCGA; 腎上腺皮質(zhì)癌;COX回歸;KM曲線(xiàn);預后;microRNA
結果和結論
1. 生存分析結果
基于microRNA的均值對病例的分組生存分析我們獲得了**個(gè)對生存曲線(xiàn)影響顯著(zhù)的microRNA。**個(gè)KM曲線(xiàn)分析指示:**個(gè)microRNA低表達的情況下患者的生存時(shí)間顯著(zhù)高于高表達的情況。說(shuō)明這些microRNA有可能抑制了某些癌癥的關(guān)鍵基因,導致機體功能紊亂從而導致生存時(shí)間的顯著(zhù)降低。
圖1: miRNA與疾病的生存曲線(xiàn)(部分結果舉例)
2. COX比例回歸分析
我們對這**個(gè)基因利用表達值進(jìn)行COX比例回歸分析,獲得每個(gè)microRNA對預后的風(fēng)險比。**。
表1. COX比例回歸分析結果
factor β HR p-value lower 95% upper 95%
hsa-mir-*** 0.2034 1.226 0.00144 1.0815 1.389
hsa-mir-**** 0.277 1.319 0.002321 1.1038 1.577
hsa-mir-*** 3.007 20.23 0.0000551 4.691 87.23
hsa-mir-** 0.3116 1.366 0.004455 1.1017 1.693
hsa-mir-*** 12.32 224800 0.001461 113.6558 444500000
3. 風(fēng)險microRNA調控網(wǎng)絡(luò )
根據COX比例回歸分析,我們獲得了 **個(gè)對腎上腺皮質(zhì)癌預后有顯著(zhù)影響的microRNA,且在他們高表達的條件下,病人預后較差。miRWalk工具預測到的microRNA調控靶基因
圖2. 風(fēng)險microRNA的調控靶基因網(wǎng)絡(luò )
4.microRNA調控靶基因功能富集分析
圖3. miRNA的功能富集分析結果
5. 共調控的靶基因功能分析
圖4. 風(fēng)險microRNA的共調控靶基因網(wǎng)絡(luò )