動(dòng)植物基因組Denovo測序分析

　　實(shí)驗介紹動(dòng)植物基因組Denovo測序分析也叫從頭測序分析，不依賴(lài)于任何參考序列信息就可對某個(gè)微生物進(jìn)行測序分析，使用生物信息學(xué)方法進(jìn)行序列拼接獲得該物種的基因組序列圖譜，并進(jìn)行基因組結構注釋、功能注釋、比較基因組學(xué)分析等一系列的后續分析，該類(lèi)型測序分析結果可以廣泛應用于農林魚(yú)牧醫藥及海洋等各個(gè)方面。

 

　　技術(shù)應用領(lǐng)域

 

　　動(dòng)植物基因組圖譜的系統性構建:

 

　　2014年12月2日發(fā)表在Nature Communications雜志上的彈涂魚(yú)，又稱(chēng)跳跳魚(yú)，是世界上唯一一種能在陸地上活動(dòng)的魚(yú)類(lèi)。它們適應獨特的生境，生活在近海沿岸及河口高潮區以下的灘涂上或是咸淡水的交界處。彈涂魚(yú)既能在水中呼吸，也能在空氣中呼吸。研究顯示，彈涂魚(yú)的魚(yú)鰓中有關(guān)氨排泄的幾個(gè)基因經(jīng)歷了正向選擇，表明它們對于彈涂魚(yú)耐受環(huán)境氨的能力很重要。此外，研究人員還對彈涂魚(yú)的視覺(jué)相關(guān)基因進(jìn)行了研究。脊椎動(dòng)物從水生向陸生過(guò)

 

　　渡是一個(gè)重要的進(jìn)化事件，而彈涂魚(yú)基因組為此提供了寶貴的信息。

 

　　復雜性狀基因的研究和動(dòng)植物分子育種應用:

 

　　植物育種家掌握了小麥的基于單條染色體的全基因組序列資源，便有了新的高質(zhì)量工具，可以用來(lái)加速育種計劃、鑒定控制復雜性狀的基因，如產(chǎn)量、谷物質(zhì)量、病害、抗蟲(chóng)、以及非生物逆境脅迫等。他們從而能培育出新一代更加高產(chǎn)和更有持續性的小麥品種，在不斷變化的環(huán)境中滿(mǎn)足人口增長(cháng)的需求。

 

　　服務(wù)流程:基本分析流程圖

 

　　可能的結果展示

 

　　示例圖1. 系統發(fā)生樹(shù)構建[1]

 

　　示例圖2. 近緣物種間比較基因組分析[2]

 

　　參考文獻示例圖參考文獻[1]Yanhua Qu，etc. Ground tit genome reveals avian adaptation toliving at high altitudes in the Tibetan plateau.nature communications, Received 21 Nov 2012 | Accepted 29 May 2013 |.

 

　　[2] Ying-hui Li,etc. De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity and agronomic traits. Nature Biotechnology 32, 1045–1052 (2014)