目標蛋白分析

　　實(shí)驗介紹目標蛋白分析基于多反應監測(MRM，Multiple reaction monitoring)技術(shù)，對與特殊功能相關(guān)的關(guān)鍵蛋白進(jìn)行相對與絕對定量。

 

　　MRM技術(shù)作為一種高特異性、高靈敏度的質(zhì)譜數據獲取方式，在進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)等具針對性的研究中發(fā)揮著(zhù)重要作用。

 

　　適用范圍：

 

　　低豐度蛋白質(zhì)發(fā)現、翻譯后修飾蛋白質(zhì)鑒定、生物標志物的驗證以及家族蛋白和同源蛋白差異的檢測。

 

　　3.分析內容

 

　　1. 確定目標蛋白質(zhì)(候選生物標志物)

 

　　2. 對候選生物標志物進(jìn)行MRM定量檢測，得到質(zhì)譜數據

 

　　圖1. MRM產(chǎn)出峰圖(對54個(gè)transition使用MRM定量檢測)

 

　　圖2. 三種蛋白質(zhì)在156個(gè)病人尿液樣本中的定量結果

 

　　3. 定量質(zhì)譜數據分析

 

　　i.數據統計分析，對單個(gè)生物標志物進(jìn)行評估選擇最優(yōu)；

 

　　ii. 預測生物標志物的transition狀態(tài)

 

　　圖3. 主成份分析法對生物標志物進(jìn)行歸類(lèi)　 

 

　　參考文獻[1] Chen, Y.-T., Chen, H.-W., Domanski, D., Smith, D. S., Liang, K.-H., Wu, C.-C., Chen, C.-L., et al. (2012). Multiplexed quantification of 63 proteins in human urine by multiple reaction monitoring-based mass spectrometry for discovery of potential bladder cancer biomarkers. Journal of proteomics, 75(12), 3529–45.

 

　　[2] Domanski, D., Cohen, G. V, Sojo, L., Kuzyk, M. A., Ratkay, L., Parker, C. E., Goldberg, Y. P., et al. (2011). The use of multiplexed MRM for the discovery of biomarkers to differentiate iron-deficiency anemia from anemia of inflammation . Journal of Proteomics, 75(12), 3514–3528.

 

　　[3] Whiteaker J R, Lin C, Kennedy J, et al. A targeted proteomics-based pipeline for verification of biomarkers in plasma[J]. Nature biotechnology, 2011, 29(7): 625-634.