miRNA靶基因分析

　　實(shí)驗介紹miRNA是一類(lèi)廣泛存在于真核生物中的非編碼RNA，成熟的miRNA的長(cháng)度在22nt左右，在轉錄后水平上通過(guò)調節其靶基因行使功能。miRNA已經(jīng)被證明與多種癌癥相關(guān)基因的表達有關(guān)。因此，識別miRNA的靶基因對于認識基因之間的網(wǎng)絡(luò )調控關(guān)系，以及人類(lèi)疾病的防治和治療都有著(zhù)非常重要的關(guān)系。

 

　　分析內容：我們可以把分析分成兩種類(lèi)型： 1）預測集：收集多個(gè)數據庫關(guān)系對數據（例如：miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等），使用多個(gè)工具預測miRNA-mRNA關(guān)系對；2） 驗證集：收集實(shí)驗驗證的數據庫，輸出為經(jīng)過(guò)試驗驗證的miRNA-mRNA關(guān)系對。 提供的內容既可以是感興趣的miRNA，也可以是感興趣的genes. 結果提供關(guān)系對數據以及網(wǎng)絡(luò )圖。

 

　　圖1 miRNA-target網(wǎng)絡(luò )。A是上調基因的miRNA靶基因網(wǎng)絡(luò )；B是下調基因的miRNA靶基因網(wǎng)絡(luò )