基于NetBox的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò )構建

　　實(shí)驗介紹NetBox是基于Java的開(kāi)發(fā)的一款軟件工具，可用于執行人類(lèi)蛋白互作網(wǎng)絡(luò )的分析。該工具基于人類(lèi)互作網(wǎng)絡(luò )（human interaction network，HIN），該網(wǎng)絡(luò )由四個(gè)數據源組成，HPRD， Reactome, NCI-Nature PID數據庫，以及MSKCC Cancer Cell Map. 自動(dòng)將基因連接成網(wǎng)絡(luò )，并識別顯著(zhù)的“l(fā)inker”基因，同時(shí)將網(wǎng)絡(luò )劃分成模塊。結果以HTML、TXT形式展示，可以加載到Cytoscape中進(jìn)行可視化以及后續分析。

 

　　流程圖

 

　　3.結果展示

 

　　圖1  NetBox分析結果網(wǎng)頁(yè)報告

 

　　圖2 NetBox分析得到的由“l(fā)inker”基因連接的模塊。菱形代表“l(fā)inker”基因，圓形表示分析得到的差異基因