疾病甲基化和基因表達譜數據分析

　　實(shí)驗介紹DNA甲基化（DNA methylation）是最早發(fā)現的修飾途徑之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質(zhì)結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而控制基因表達。Cox比例風(fēng)險回歸模型（Cox’s proportional hazards regression model），簡(jiǎn)稱(chēng)Cox回歸模型，主要用于腫瘤和其它慢性病的預后分析，也可用于隊列研究的病因探索。通過(guò)對TCGA公共數據庫的數據挖掘，探索甲基化與疾病預后的相關(guān)性，發(fā)現與甲基化相關(guān)mRNA，進(jìn)而影響預后的基因，為疾病預后相關(guān)標志物的研究提供科學(xué)依據。

 

　　2.流程圖

 

　　3.結果展示

 

　　圖1 差異甲基化在基因組的分布  

 

　　圖2 某位點(diǎn)的甲基化水平展示

 

　　圖3 生存分析結果

 

　　左圖從上到下依次是：Risk score分布圖；生存時(shí)間/狀態(tài)分布圖；基因熱圖；右圖為K-M生存曲線(xiàn)（p代表log-rank檢驗顯著(zhù)性）