宏基因組之全基因組測序

　　實(shí)驗介紹宏基因組測序是指對微生物群體進(jìn)行高通量測序，分析特定環(huán)境中微生物群體基因組成及功能、微生物群體的多樣性與豐度，進(jìn)而分析微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)現具有特定功能的基因。宏基因組測序無(wú)需分離純培養微生物，較大擴展了微生物資源的利用，為環(huán)境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因組深度測序可以揭示或估計環(huán)境中真實(shí)的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價(jià)值的基因資源，應用于開(kāi)發(fā)新的微生物活性物質(zhì)。宏基因組研究分兩個(gè)方向：擴增子測序和全基因組測序。

 

　　目前，宏基因組分析更多地使用宏全基因組測序技術(shù)來(lái)產(chǎn)生數據并完成后續一系列數據處理和挖掘。相比于基于16S基因測序的宏基因組研究方法，基于全基因組測序的宏基因組研究方法可以全面的分析微生物的物種、基因組成。

 

　　應用

 

　　通過(guò)宏基因組測序的方法，將腸道微生物與疾病進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析以揭示疾病與健康個(gè)體間的微生物差異；

 

　　鑒定特定環(huán)境中的特定微生物發(fā)現耐受菌種及相關(guān)基因。

 

　　服務(wù)流程:全基因組序列分析流程

　　結果示例

　　示例圖1. 全基因組拼接環(huán)形圖

　　示例圖2. 實(shí)驗組樣本的豐度顯著(zhù)上調KO與通路的關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò )（圖中黃色節點(diǎn)為通路，節點(diǎn)大小與該節點(diǎn)的連接度（degree）大小成正比，即越多的KO與該通路有關(guān)聯(lián)則該通路節點(diǎn)約大，淺藍與深藍色節點(diǎn)為KO編號，其中淺藍的KO對應的蛋白為酶，邊代表KO注釋到了該通路中）

　　示例圖3. 實(shí)驗組和對照組的GO功能分布

　　示例圖4. COG功能的系統分析

　　示例圖5. SEED功能的系統分析