宏基因組之擴增子測序

　　實(shí)驗介紹宏基因組測序是指對微生物群體進(jìn)行高通量測序，分析特定環(huán)境中微生物群體基因組成及功能、微生物群體的多樣性與豐度，進(jìn)而分析微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)現具有特定功能的基因。宏基因組測序無(wú)需分離純培養微生物，較大擴展了微生物資源的利用，為環(huán)境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因組深度測序可以揭示或估計環(huán)境中真實(shí)的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價(jià)值的基因資源，應用于開(kāi)發(fā)新的微生物活性物質(zhì)。宏基因組研究分兩個(gè)方向：擴增子測序和全基因組測序。

 

　　擴增子測序，涉及特定序列位點(diǎn)的PCR擴增，通常是16S/18S rDNA。宏基因組的物種分類(lèi)，一般用OUT（operational taxonomic unit），即可操作單元來(lái)表示。通常原生生物使用16S rDNA來(lái)衡量，真核生物的OUT使用18S rDNA來(lái)衡量。

 

　　相比于擴增子測序的方法，基于全基因組測序的宏基因組研究方法可以全面的分析微生物的物種、基因組成。

 

　　應用

 

　　通過(guò)宏基因組測序的方法，將腸道微生物與疾病進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析以揭示疾病與健康個(gè)體間的微生物差異；

 

　　鑒定特定環(huán)境中的特定微生物發(fā)現耐受菌種及相關(guān)基因。

 

　　服務(wù)流程:數據處理和分析流程

　　示例結果：

　　示例圖1. 不同樣本OUT（operat ional taxonomic units）豐度的熱圖展示

　　示例圖2. 實(shí)驗組和對照組在屬水平上生物種類(lèi)分布的柱狀圖和餅狀圖

　　示例圖3. 系統發(fā)生樹(shù)