mRNA測序數據

實(shí)驗介紹轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。相對于傳統的芯片雜交平臺,轉錄組測序無(wú)需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動(dòng)進(jìn)行檢測,提供更精確的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具?;诟咄繙y序平臺的轉錄組測序技術(shù)能夠全面獲得物種特定組織或器官的轉錄本信息,從而進(jìn)行基因表達水平研究、新轉錄本發(fā)現研究、轉錄本結構變異研究等。
應用
1. 觀(guān)察疾病發(fā)生過(guò)程中病灶部位內部的基因表達水平變化
2. 在腫瘤研究中,使用RNA-seq技術(shù)可以預測潛在的融合基因
3. 新lncRNA預測和已知lncRNA表達水平研究
4. 新物種的轉錄組數據構建和功能研究
服務(wù)流程:
數據分析流程圖
預期結果展示
示例圖1 差異表達基因篩選
示例2 基因聚類(lèi)分析heatmap圖
示例3 差異基因互作網(wǎng)絡(luò )圖
示例4 lncRNA、基因與上游共有miRNA網(wǎng)絡(luò )圖
參考文獻[1] Guttman, M. and J. L. Rinn (2012). "Modular regulatory principles of large non-coding RNAs." Nature482(7385): 339-346.
[2] Xia, T., Q. Liao, et al. (2014). "Long noncoding RNA associated competingendogenous RNAs in gastric cancer." Scientific reports4.
[3] Barrett C L, Schwab R B, Jung H C, et al. Transcriptome sequencing of tumor subpopulations reveals a spectrum of therapeutic options for squamous cell lung cancer[J]. PloS one, 2013, 8(3): e58714.